參與堆肥過程的主要微生物種類是細菌、放線菌以及真菌。這三種微生物都有中溫菌和高溫菌。

      1，細菌

       在好氧堆肥系統中，存在著大量的細菌。細菌憑借大的比表面積，可以快速將可溶性底物吸收到細胞中。所以在堆肥過程中，細菌在數量上通常比體積更大的微生物（如真菌）多得多。在不同的堆肥環境中分離的細菌在分類學上具有多樣性，其中包括假單胞菌屬、克雷伯菌屬以及芽孢桿菌屬的細菌。

       2，放線菌

       放線菌是具有多細胞菌絲的細菌，因此它更像是真菌。放線菌可以分解纖維素，并溶解木質素。同時，他們比真菌能夠忍受更高的溫度和ph值。所以，盡管放線菌講解纖維iesuhe木質素的能力并沒有真菌強，但是它們在堆肥過程中的高溫期卻是分解木質纖維素的優勢菌群。在條件惡劣的情況下，放線菌則以孢子的形式存活。研究表明，諾卡菌、鏈霉菌、高溫放線菌和單孢子菌等都是在堆肥中占優勢的嗜熱性放線菌，它們不僅出現在堆肥過程中的高溫階段，同樣也在降溫階段和熟化階段出現。

       3，真菌

        真菌，尤其是白腐真菌可以利用堆肥底物中所有的木質纖維素，由此，真菌的存在對于堆肥的腐熟和穩定具有重要的意義。嗜溫性真菌地霉菌和嗜熱性真菌煙曲菌是堆肥無聊中的優勢種群，其他一些真菌，如擔子菌、子囊菌、橙色嗜熱子囊菌也具有較強的分解木質纖維素的能力。